Pemberitahuan: Untuk pengalaman terbaik, disarankan menggunakan desktop/laptop untuk mengakses alat ini.
Intruksi
Tool analisis kekerabatan genetik online gratis untuk membuat dendrogram UPGMA. Analisis strain mikroba, tipifikasi molekuler, dan visualisasi data genetik dengan metode koefisien Dice.
Metodologi
- Format Input:
- Data biner dalam format
NamaStrain;0;1;1;0... - Setiap baris mewakili satu strain dan profil binernya
- Alat ini mendukung hingga 200 strain dan 200 pita
- Data biner dalam format
- Perhitungan Koefisien Dice:
- Koefisien Dice mengukur kemiripan antara dua profil biner menggunakan rumus: $$ S = \frac{2|A \cap B|}{|A| + |B|} $$
- Di mana
|A ∩ B|adalah jumlah nilai "1" yang sama |A|dan|B|adalah jumlah total nilai "1" dalam masing-masing profil- Skor kemiripan dikonversi menjadi ukuran ketidaksamaan (jarak) sebagai
D = 1 - S
- Pengelompokan UPGMA:
- Algoritma UPGMA menggabungkan kelompok secara berulang berdasarkan jarak rata-rata berpasangan
- Proses berlanjut hingga semua strain dikelompokkan menjadi satu kelompok
- Metode ini mengasumsikan tingkat evolusi yang konstan (sifat ultrametrik)
- Visualisasi:
- Menggunakan D3.js untuk membuat dendrogram
- Ditampilkan sebagai pohon hierarkis
- Dilengkapi opsi untuk menampilkan jarak dan label kelompok
- Untuk dataset besar (mendekati 200 strain), komputasi matriks jarak dan pengelompokan mungkin memerlukan waktu lebih lama
- Visualisasi mungkin perlu penyesuaian untuk dataset yang sangat besar
- Asumsi tingkat evolusi konstan mungkin tidak selalu sesuai untuk semua kasus
- Analisis kekerabatan mikroba
- Studi tipifikasi molekuler
- Analisis pola pita elektroforesis
- Pengelompokan strain berdasarkan karakteristik biner
Literatur
Feedback:
Post a Comment